Patogeny roślinne infekujące rośliny marihuany (Cannabis sativa L.) zmniejszają wzrost plonu, wpływając na korzenie, koronę i liście. Ponadto grzyby (pleśnie), które kolonizują kwiatostany (pąki) podczas rozwoju lub po zbiorach i które kolonizują tkanki wewnętrzne jako endofity, mogą obniżyć jakość produktu. Patogeny i pleśnie, które wpływają na C. sativa uprawianą hydroponicznie w pomieszczeniach (w kontrolowanych środowiskowo pomieszczeniach wzrostowych i szklarniach) oraz rośliny uprawiane w polu, badano przez wiele lat pobierania próbek. Badanie oparte na PCR z wykorzystaniem primerów dla wewnętrznego transkrybowanego regionu spacerowego (ITS) rybosomalnego DNA potwierdziło tożsamość kultur. Patogeny infekujące korzenie obejmowały Fusarium oxysporum, Fusarium solani, Fusarium brachygibbosum, Pythium dissotocum, Pythium myriotylum i Pythium aphanidermatum, które powodowały brązowienie korzeni, przebarwienia tkanek korony i rdzenia, zahamowanie wzrostu i żółknięcie roślin, a w niektórych przypadkach obumieranie roślin. Na liściach głównym obserwowanym patogenem był mączniak prawdziwy, wywoływany przez Golovinomyces cichoracearum. Na kwiatostanach zgnilizna pąków Penicillium (wywoływana przez Penicillium olsonii i Penicillium copticola), zgnilizna pąków Botrytis (Botrytis cinerea) i zgnilizna pąków Fusarium (F. solani, F. oxysporum) były obecne w różnym stopniu. Grzyby endofityczne obecne w tkankach korony, łodygi i ogonków liściowych obejmowały grzyby kolonizujące glebę i celulolityczne, takie jak gatunki Chaetomium, Trametes, Trichoderma, Penicillium i Fusarium. Analiza próbek powietrza w środowiskach uprawy w pomieszczeniach wykazała obecność gatunków Penicillium, Cladosporium, Aspergillus, Fusarium, Beauveria i Trichoderma. Te dwa ostatnie gatunki były wynikiem zastosowania produktów biokontroli w celu zwalczania owadów i chorób. Społeczności grzybów obecne w niepasteryzowanym podłożu uprawowym z włókna kokosowego (coco) są potencjalnymi źródłami skażenia pleśnią roślin konopi. Wymazy pobrane z pąków uprawianych w szklarniach i w pomieszczeniach przed i po zbiorach wykazały obecność Cladosporium i do pięciu gatunków Penicillium, a także niskie poziomy gatunków Alternaria. Mechaniczne przycinanie pąków spowodowało wzrost częstości występowania gatunków Penicillium, prawdopodobnie poprzez zapewnienie punktów wejścia przez rany lub rozprzestrzenianie endofitów z tkanek rdzenia. Powietrzna dystrybucja inokulum patogenu i zarodników pleśni oraz rozprzestrzenianie poprzez rozmnażanie wegetatywne są ważnymi metodami rozprzestrzeniania, a wejście przez miejsca ran na korzeniach, łodygach i tkankach pąków ułatwia zasiedlenie roślin konopi przez patogeny.